مرحوم آیت‌الله قاضی به همه سفارش می کردند که این ذکر را قرائت کنند: «استغفر الله الذی لا اله الا هو من جمیع ظلمی و جوری و إسرافی علی نفسی و أتوب إلیه: از خداوند که معبودی جز او نیست به خاطر تمامی ظلم‌ها و گناهانم و ستمی که بر خود روا داشته‌ام طلب بخشش می‌کنم و به سوی او باز می‌گردم».
مرحوم علامه طباطبایی و آیت الله بهجت از ایشان نقل می‌کنند که می‌فرمودند: «اگر کسی نماز واجبش را اول وقت بخواند و به مقامات عالیه نرسد مرا لعن کند».
رفع ناراحتی‌های روحی آن مرحوم در هنگام اضطراب و ناراحتی‌های روحی، خواندن این کلمات را سفارش می‌کردند: «لا اله الا الله وحده لا شریک له، له الحمد و له الملک و هو علی کل شیء قدیر، أعوذ بالله من همزات الشیاطین و أعوذ بک ربی من أن یحضرون إن الله هوالسمیع العلیم: هیچ معبودی جز خداوند یکتای بی‌شریک وجود ندارد و ستایش و حکومت مخصوص اوست و او بر هر کاری تواناست. از وسوسه‌های شیاطین به خدا پناه می‌برم و به تو پناه می‌برم ای پروردگارم از اینکه نزد من حاضر شوند. همانا خداوند شنوا و داناست».
دعا در قنوت نماز آقای قاضی به شاگردان خود توصیه می‌فرمودند این دعا را در قنوت نمازهایشان بخوانند: « اللهم ارزقنی حبّک و حبّ ما تحبه، و حبّ من یحبّک، والعمل الذی یبلغنی إلی حبّک واجعل حبّک احبّ الاشیاء إلی».
ذکری برای روشنایی قلب آیت الله کشمیری می‌فرمودند: آقای قاضی سجده‌های طولانی داشت و معمولاً قبل از خواب «مسبحات» را تلاوت می‌فرمود و برای روشنایی قلب 70 مرتبه استغفار بعد از نماز ظهر و عصر را تجویز می‌کردند.
منبع: کتاب در محضر افلاکیان